有机肥生产设备的发酵分为生物发酵和植物发酵，它的工艺流程是：先将生物菌发酵剂添加到物料，平面条垛式地面堆置发酵，调整室内发酵温度，让发酵菌保持活跃，将物料完全腐熟，最后发酵与干燥、筛分、生产粉状生物有机肥，根据市场需求肥料做各种形状有机肥颗粒。

    有机肥生产设备发酵物料可在露天进行，通过翻堆强制供给氧气，以利于好氧微生物菌做功。在堆肥初始阶段的1—3天，由于物料自身含氧基本可以满足微生物菌需要，好氧微生物菌首先分解易腐质，然后吸取其分解有机物的碳/氮营养成分，部分营养成分用于细菌自身繁殖，其余营养成分被分解为二氧化碳和水，同时放出热量使堆温上升。当温度处于25—45摄氏度时，中温菌微生物比较活跃；随着堆温不断升高，当温度处于45—65摄氏度时，高温微生物如嗜热菌、放线菌等逐渐占据主导地位，中温微生物受到抑制甚至死亡，有机质进行更快速的分解，使堆温迅速上升到60—70摄氏度或更高温度，这时除易腐有机质继续分解外，部分纤维素和木质素也逐渐被分解，腐殖质开始形成。实践证明，堆肥温度在60摄氏度以上三天，就能杀死物料中的寄生虫卵、病原菌和杂草种子，达到堆肥无害化的目的；但同时堆肥温度不宜超过70摄氏度，否则就会造成有益微生物菌的休眠甚或死亡。

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